但是长期的文理分类也产生了严重的弊端：在科类上形成了“非黑即白”的两极思维定势，在文理之间形成一条鸿沟。产生两个严重的问题：（1）社会科学和自然科学固然有特质上的差异，但是并非不可逾越，两者之间也存在渐变的过渡地带。近年来交叉科学、边缘科学的产生更是启示了两者相互影响、融合的趋势。因此，文理在教学上的截然分离不符合科学的发展趋势。（2）引导学生形成知识结构、思维特质的严重的同质化和近亲繁殖倾向，不利于创新精神的培养。高考科目文理分类，相应地中学教学也文理分类，文科学生不碰物理化学生物，理科学生不学政治历史地理，学生的知识结构和思维特质形成了严重的同质化和近亲繁殖倾向，而同质化是创新的大敌。

乔布斯在斯坦福大学演讲时披露了美术字课程的学习对他创造出苹果时代的作用：“我学会了怎么样在不同的字母组合之中改变空格的长度， 还有怎么样才能作出最棒的印刷式样。那是一种科学永远不能捕捉到的、美丽的、真实的艺术精妙。”钱学森也说过：他的成就得益于音乐的熏陶。

浙江在2009年实施新课改高考方案，面向高水平大学的“一类”考试科目设有“自选模块”，打破文理界限由学生在9门学科18个模块中自主选择6个模块。广东在探索“3+X”的过程中，也有过打通文理的尝试。新一轮高考改革，无论是首批试点的上海、浙江两省市，还是目前已公布初步改革方案的25个省区市，均根据《中共中央关于全面深化改革若干问题的决定》，实行文理不分。这项改革将对国人的知识结构和思维模式产生深远的影响。
 

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